2005年，霸天虎占领了塞博特恩， 汽车人在塞博特恩卫星建立秘密基地准备反击。霸天虎突袭地球上的汽车人城，大批汽车人战士阵亡，擎天柱从卫星赶回与威震天决斗，两败俱伤。后擎天柱伤重不治，将充满力量的领导模块传与通天晓，通天晓接任汽车人新领袖。威震天在撤退途中被红蜘蛛遗弃，在宇宙中遭遇宇宙大帝，被改造成为惊破天。惊破天消灭了夺权的红蜘蛛，追击汽车人，并打散了通天晓，夺取了能源宝，以此威慑宇宙大帝臣服。宇宙大帝开始进攻塞伯坦，霸天虎被迫迎战，汽车人团结各方力量，前往塞伯坦参与反击宇宙大帝的战争。汽车人热破与惊破天决斗，夺回能源宝并成功释放了能源宝的力量击败宇宙大帝，自己也成长为补天士，成为汽车人的新领袖。 汽车人城受到了重创，擎天柱前来支援。这一次他要和威震天拼死一搏。遗憾的是擎天柱被威震天算计，两败俱伤。眼看擎天柱就要牺牲，汽车人悲痛万分。擎天柱将能源模块交给通天晓，要他带领汽车人继续战斗。通天晓深知责任重大，他将能源模块隐藏起来，在这寡不敌众的危急时刻，为了保存实力，汽车人不得不放弃地球，乘飞船离开。 威震天因伤势过重和惊天雷、闹翻天等人被霸天虎遗弃，本以为一切都完了，但一个神秘而强大的机器人出现在威震天面前，他就是宇宙大帝。宇宙大帝给予威震天新的力量，并给他改名为惊破天，其他被遗弃的霸天虎也被宇宙大帝给予新的力量，宇宙大帝以其强大的能量控制着惊破天，并要他抢到能源模块，将汽车人赶尽杀绝。与此同时，宇宙大帝吞噬着各个星球以提升自己的能量，包括塞博特恩的两颗卫星也没能幸免于难。来不及撤退的汽车人被吞噬到宇宙大帝的体内，情况十分危急。 从地球汽车人城逃出的热破和通天晓分别驾驶飞船带着部分同伴在宇宙中寻找可以落脚的地方，无奈惊破天一路夹击，两架飞船被迫降落在两颗不同的星球上。然而汽车人不仅仅要面临霸天虎的围追堵截，还有来自这两颗星球上的生物的威胁。就在这生死一线的危急时刻，幸好汽车人中有人通晓宇宙通用语，使得汽车人不仅幸免于难，还和这些星球的主人成为了朋友并联手对抗霸天虎的袭击。 惊破天找到通天晓，并抢到了能源模块，他准备用能源模块要胁宇宙大帝。此刻，宇宙大帝正准备吞噬塞博特恩，为了保住自己好不容易得到的战斗果实，惊破天被迫迎战。汽车人也团结了其他星球的各方力量，前来与宇宙大帝展开殊死搏斗。热破在宇宙大帝的腹中，从惊破天手里抢回了能量模块，并释放出它的能量，同时自己升级成补天士。宇宙大帝不敌能量模块的威力，终于被击败。 弥留之际，擎天柱将领导模块传给通天晓。而邪恶的宇宙大帝为了摧毁阻碍自己的领导模块，拯救了被红蜘蛛背叛和抛弃的威震天，将其改造为更为强大的惊破天。汽车人和霸天虎新一代领导人相继浮出水面，正邪大战不断升级……