《机动战士高达：雷霆宙域》设定在宇宙世纪0079年，讲述了地球联邦与吉翁公国在一年战争末期的激烈战斗。故事发生在废墟般的萨德四空间殖民地群，穆尔因吉翁军的攻击而被摧毁，造成大量市民死亡。破坏的殖民地和沉没的战舰残骸漂浮在荒凉的星际中，充满了碰撞和电荷的碎片，形成了一个名为“雷霆宙域”的危险区域。 穆尔幸存者组成的地球联邦军部队“穆尔同胞团”誓言夺回故土，摧毁当地的吉翁军。而吉翁军则通过“活死人师团”来阻止联邦的进军，活死人师团是一个专门收集义肢兵战斗数据的部队。 故事的主线围绕两名角色展开：一名是厌倦了自己身份和故乡束缚的穆尔同胞团成员伊奥·弗莱明，另一名是过去在战斗中失去双腿并成为吉翁军活死人师团的顶级狙击手达里尔·洛伦茨。两人在战场上相遇并意识到，他们注定要成为互相对立的敌人，彼此的命运将无法逃避。